Serinin finalinden bu yana üç yıl geçti. Ryo, büyük bir roket projesinde mühendis olarak NASA'da çalışıyor. Borgman yoldaşı ve sevgilisi Anise ise bir restoranda hamburgerciliğe indirgenmiş durumda. Bu yüzden, kendisine büyük bir Japon, yüksek teknolojili projede profesyonel bir iş teklif eden bir mektup aldığında, bu fırsatı kaçırmak istemiyor. Ancak Ryo, her zamanki kararsızlığıyla Anise onunla

Serinin finalinden bu yana üç yıl geçti. Ryo, büyük bir roket projesinde mühendis olarak NASA'da çalışıyor. Borgman yoldaşı ve sevgilisi Anise ise bir restoranda hamburgerciliğe indirgenmiş durumda. Bu yüzden, kendisine büyük bir Japon, yüksek teknolojili projede profesyonel bir iş teklif eden bir mektup aldığında, bu fırsatı kaçırmak istemiyor. Ancak Ryo, her zamanki kararsızlığıyla Anise onunla Japonya'ya gitmeden ayrılıyor. Üçüncü Borgman olan Chuck Sweager, kız arkadaşı Miki gibi bir polis memuru. Bir grup siborg arasındaki kavgaya tanık olduğunda bunu Chuck'a anlatır ve Chuck bunun mümkün olamayacağını, çünkü hayatta kalan tek siborgların Ryo, Anise ve kendisi olduğunu söyler. Ancak Miki onu ikna eder ve birlikte araştırma yaparlar. Anise yeni işi için gelir ve akşam yemeğinde buluştuklarında durumu ona açıklarlar. Anise, bu yeni siborgların kaynağı olduğuna inandıkları Heaven's Gate projesini gizlice araştırmayı teklif eder. Bu sırada Ryo, kız arkadaşının peşinden Japonya'ya doğru yola çıkar. Ona eşlik eden, Borgman Projesi'nin hayatta kalan iki araştırmacısından biri olan ve soruşturmaya yardımcı olmak için Tokyo Polisi önüne çıkması istenen Hussan'dır. Tüm oyuncular Japonya'ya geldiğinde işler karışmaya başlar.