2025 yılında, Kikou olarak adlandırılan otomatlar aniden ortaya çıkarak insanlara saldırır ve birçok şehri tamamen yerle bir eder. İnsan uygarlığı harabe içinde kalır ancak daha sonra Japonya'da bir Kikou enkazı bulunur. Kikou silahlarını araştırmak için Tokyo Kikou Enstitüsü (Toukigen) adında bir araştırma tesisi kurulur. "Zehri zehirle yen" atasözünü takip ederek, Kikou'ları yenmek için Kikou'la

2025 yılında, Kikou olarak adlandırılan otomatlar aniden ortaya çıkarak insanlara saldırır ve birçok şehri tamamen yerle bir eder. İnsan uygarlığı harabe içinde kalır ancak daha sonra Japonya'da bir Kikou enkazı bulunur. Kikou silahlarını araştırmak için Tokyo Kikou Enstitüsü (Toukigen) adında bir araştırma tesisi kurulur. "Zehri zehirle yen" atasözünü takip ederek, Kikou'ları yenmek için Kikou'ları kullanmak insanlığın son umudu gibi görünmektedir. Dokuz yıl sonra, araştırmadan Muttsu adında yeni bir silah yaratılır ve gerçek savaşta kullanıma neredeyse hazırdır. Rin Sagami adında bir oğlan ve Yuzuru Midou adında bir kız, Muttsu'yu kullanmak için seçilir. İnsanlığın geleceği için umutlar onlara emanet edilir, ancak görevi cesaretle karşılarlar. Ancak ikisini de bekleyen şey acımasız bir kaderdir.