Pokémon, çeşitli türlerde ve boyutlarda ortaya çıkan harika canlılardır ve yetenekleri, güçleri ve kişilikleri sayısız oldukları kadar çeşitlidir. Doktor Yukinari Ookido, yakalanabilen, eğitilebilen, takas edilebilen ve birbirleriyle dövüştürülebilen bu büyüleyici varlıkları incelemeye hayatını adamıştır. Ancak laboratuvarından yapabileceği pek bir şey yoktur. Bunu akılda tutarak Ookido, iki gence

Pokémon, çeşitli türlerde ve boyutlarda ortaya çıkan harika canlılardır ve yetenekleri, güçleri ve kişilikleri sayısız oldukları kadar çeşitlidir. Doktor Yukinari Ookido, yakalanabilen, eğitilebilen, takas edilebilen ve birbirleriyle dövüştürülebilen bu büyüleyici varlıkları incelemeye hayatını adamıştır. Ancak laboratuvarından yapabileceği pek bir şey yoktur. Bunu akılda tutarak Ookido, iki gence kendi Pokémon'larını ve onları kataloglamak için bilgisayarlı bir ansiklopediyi emanet eder. Onlardan biri olan Green, arsız, tutkulu, biraz kibirli ve Doktor Ookido'nun kendi yeğenidir. Diğer çocuk Red ise eşit derecede tutkuludur ve saf bir merak duygusuyla doludur. Pokémon: The Origin, Red'in Kanto bölgesindeki yolculuğunu, var olan tüm Pokémon'ları yakalayıp kataloglayarak "Pokédex"ini tamamlamak için izliyor. Yol boyunca kendi ve hedefleri hakkında başlangıçta düşündüğünden daha fazlasını keşfedecek. Red, Pokémon Ligi'ne doğru adımlar olan özel Gim'lerde hem kendini hem de Pokémon'unu test etmek zorunda kalacak, böylece Elite Four'a meydan okuyabilecek ve bir Pokémon Ligi Şampiyonu olabilecektir. Şampiyon olma hedeflerinin yanı sıra, Red'in başka sorunları da vardır. Daha uğursuz nedenlerle Pokémon yakalayan ve eğiten başkaları da var, bunlardan biri de kötü şöhretli suç örgütü Team Rocket. Eğer Red onları, diğer eğitmenleri, rakibi Green'i ve Kanto boyunca vahşi Pokémon'ları yenebilirse, kendi rüyasını ve Doktor Ookido'nun rüyasını da gerçekleştirebilir.