Oyun, Cosmic Ark adında paralel bir boyutta, uzak gelecekte geçmektedir. Uzun süredir uykuda olan devasa robotlar olan Arks, galaksilerinin kötü Chaos tarafından yönetildiğini fark edip aniden uyanır. Çağlardır uykuda oldukları için, Kalan üç büyük Ark olan Bilgelik, Cesaret ve Güç enerjilerini kaybetmişlerdir ve şimdi onlardan sadece birinin kötü Chaos'u yenme gücüyle yeniden canlandırılması için

Oyun, Cosmic Ark adında paralel bir boyutta, uzak gelecekte geçmektedir. Uzun süredir uykuda olan devasa robotlar olan Arks, galaksilerinin kötü Chaos tarafından yönetildiğini fark edip aniden uyanır. Çağlardır uykuda oldukları için, Kalan üç büyük Ark olan Bilgelik, Cesaret ve Güç enerjilerini kaybetmişlerdir ve şimdi onlardan sadece birinin kötü Chaos'u yenme gücüyle yeniden canlandırılması için yeterli enerji bulunmaktadır. Bunu başarmak için, büyük Ark'ların her birinin takipçilerinden oluşan üç farklı Birlik kurulmuş, her biri kendi Ark'ının yeniden canlandırılması ve böylece Chaos'un yenilgisi ve dünyanın kaderi için yarışmaktadır. Bu ana hikayenin yanı sıra, oyundaki karakterlerin çeşitli arka plan hikayeleri de bulunmaktadır. Örneğin Crimrose ve Ivis'in geçmişleri, Eihwaz'ın hikayesi veya Eris ve Resha arasındaki karşılaşma gibi.