COMNET adıyla bilinen tek bir küresel ağ tarafından desteklenen bir gelecekte yaşayan ortalama bir okul kızı olan Yui. Bilgisayar konusunda cahil olan Yui, bir bilgisayar laboratuvarı kazasının ardından, ona COMNET'i kurtarması gerektiğini söyleyen, IR adlı bir rakun görünümlü düzeltici bilgisayar programıyla karşılaşır. Dünyayı ele geçirmeye çalışan Grosser adlı asi YZ (Yapay Zeka) bilgisayar pro

COMNET adıyla bilinen tek bir küresel ağ tarafından desteklenen bir gelecekte yaşayan ortalama bir okul kızı olan Yui. Bilgisayar konusunda cahil olan Yui, bir bilgisayar laboratuvarı kazasının ardından, ona COMNET'i kurtarması gerektiğini söyleyen, IR adlı bir rakun görünümlü düzeltici bilgisayar programıyla karşılaşır. Dünyayı ele geçirmeye çalışan Grosser adlı asi YZ (Yapay Zeka) bilgisayar programını ve onun yandaş programlarını durdurmak zorundadır. Grosser başlangıçta COMNET'in tüm yöneticisi olarak tasarlanmıştı. Başlangıçta, bilgisayarlar konusundaki tamamen bilgisizliği ve yeteneksizliği nedeniyle kahraman rolünü oynamakta çok isteksizdir. COMNET'i kurtarmak için, diğer yedi asi düzeltici programı bulmalı ve onların güvenini kazanmalıdır. Ayrıca Grosser'ı temelli durdurmak için COMNET'in yaratıcısı Profesör Inukai'yi bulmaları gerekir.